מיקונוס טאון, העיר הראשית של האי, מציעה למשפחות עם ילדים שילוב נדיר של חופים קרובים, סמטאות שופינג ותרבות, ומלונות שמבינים את הצרכים של ההורים. באזור צ'ורה (העיר העתיקה) ובסמוך לה תמצאו מלונות משפחתיים עם בריכות חיצוניות, חדרים מרווחים, ואפשרויות הסעה משדה התעופה (2 ק"מ) וממרכז העיר. מלון Adama Mykonos Boutique Hotel, שממוקם כמה צעדים משדה התעופה, זוכה לציון 97 "נפלא" ומציע בריכת אינפיניטי, חדר כושר, שיעורי יוגה, וחדרים עם דלתות מחלקות - אידיאלי למשפחות שמעדיפות נגישות ונוחות.
מלון Aeolos Resort, במרחק 800 מטר ממרכז העיר, מציע שלוש בריכות, כולל בריכה עם הידרומסאז', וסעות חינם משדה התעופה והנמל בין השעות 7:00-23:00. התקציב המומלץ לחדר משפחתי בעונה הבינונית נע בין 150-300 יורו ללילה, תלוי בעונה ובסוג החדר. אם אתם נוסעים עם ילדים קטנים, חשוב לדעת שחלק מהמלונות באזור מציעים שירות בייביסיטר (למשל ב-Cavo Tagoo Mykonos) ומגוון אפשרויות ארוחת בוקר - כולל מנות ילדים כמו קרואסונים, מאפים טריים ומנות מקומיות. מומלץ להזמין חדר עם מרפסת או גישה לבריכה, ולוודא שהמלון מספק מיטות תינוק או דרגש לפי בקשה מראש.