מלונות בוטיק בפראג מציעים חוויה אינטימית ועיצוב מוקפד במרכז העיר. רובם ממוקמים בכיכר ואצלב, בעיר העתיקה או בסמוך לכיכר הרפובליקה, במרחק הליכה מהאטרקציות המרכזיות. המחירים נעים בין בינוני ליוקרתי, בהתאם לרמת השירות והמתקנים.
בין המלונות הבולטים: Hotel Kings Court, מלון 5 כוכבים עם ספא ובריכה, ו-Jalta Boutique Hotel המציג מוזיאון למקלט גרעיני. Kosher Hotel King David Prague מציע שירות כשרות מלא ובריכה, ואילו Hotel Pulse8 בשכונת קרלין המודרנית מספק אווירה צעירה. כל המלונות כוללים אינטרנט חינם, ארוחת בוקר ומזגן.