מלונות בוטיק בקופנהגן מציעים חוויה שונה מהמלונות הסטנדרטיים, עם דגש על עיצוב, אווירה אישית ומיקום מרכזי. חלקם שוכנים במבנים היסטוריים כמו מלון Admiral Hotel Copenhagen, השוכן במחסן מוגן מהמאה ה-18 לצד התעלה, עם קורות עץ חשופות ונוף לאופרה. אחרים, כמו מלון The Square, ממוקמים בלב רובע הלטיני ההיסטורי, במרחק הליכה מרחוב Strøget ומכיכר קונגנס Nytorv, ומציעים עיצוב מינימליסטי ונגישות קלה לאטרקציות המרכזיות.
המחירים במלונות בוטיק במרכז קופנהגן נעים בדרך כלל בין 800 ל-1,500 קרונות דנית ללילה, תלוי בעונה ובסוג החדר. מלון Tivoli Hotel, הממוקם בסמוך לגני טיבולי ולתחנת הרכבת המרכזית, מציע בריכה מקורה, חדר כושר גדול ושתי קומות עם ברים עם נוף פנורמי, ומתאים במיוחד למשפחות ולנוסעים עסקיים. מלון Manon Les Suites Guldsmeden מתאפיין בבריכת 'ג'ונגלפיש' מקורה בסגנון באלי, חדר כושר ומרפסת גג, ומהווה מקום מפלט טרופי בלב העיר. כדאי לבדוק אם ארוחת הבוקר כלולה במחיר, שכן רבות מהן מוגדרות כמשובחות, ולתכנן שהייה במלון המאפשר גישה נוחה לתחבורה ציבורית או לחנייה פרטית.