מלונות הספא בבודפשט מציעים חוויה משולבת של נופש עירוני ופינוק בריאותי. רוב המלונות בקטגוריה זו ממוקמים בצד הפשט, בקרבת שדרת אנדראשי, גשר השלשלאות ובזיליקת אישטוון הקדוש. המחירים נעים בין מלונות בוטיק יוקרתיים במחיר של 250-500 אירו ללילה ועד מלונות משפחתיים בינוניים החל מ-120 אירו. המתקנים הנפוצים כוללים בריכות מקורות, סאונות יבשות ורטובות, חדרי אדים, מרכזי כושר, וטיפולי ספא ייחודיים כמו בדי סחף הונגרי (Hungarymud). מומלץ להזמין מראש, במיוחד בעונת התיירות, ולבדוק אם הכניסה לספא כלולה במחיר החדר או כרוכה בתשלום נוסף.
בין המלונות הבולטים: Anantara New York Palace Budapest - מלון בסגנון ניאו-רנסאנס עם בית הקפה ניו יורק המפורסם, בריכה מחוממת וסאונה. Kempinski Hotel Corvinus Budapest מציע בריכה פנימית, מסעדת נובו וטיפולי Hungarymud. Al Habtoor Palace Budapest - מלון פאר בארמון אדריה ההיסטורי עם ספא משי ובריכה. Corinthia Budapest מתגאה בספא רויאל בסגנון ארט דקו ובריכת שחייה. Four Seasons Hotel Gresham Palace Budapest כולל בריכת אינסוף עם נוף לדנובה ומרכז כושר. למשפחות מומלץ Aquaworld Resort Budapest עם פארק מים מקורה ענק, מגלשות ומועדון ילדים. מלונות נוספים מצוינים: InterContinental Budapest עם נוף לטירה, Continental Hotel Budapest בארמון ארט נובו לשעבר, Danubius Hotel Helia על גדת הדנובה, ו-Kozmo Hotel Suites & Spa - מלון בוטיק יוקרתי מהמותג Small Luxury Hotels.