מלונות בוטיק בונציה מציעים שילוב של היסטוריה, עיצוב ואירוח אינטימי ברובעים כמו קנארג'ו, סן מרקו והגטו היהודי. Eurostars Cannaregio, השוכן במנזר לשעבר, מציע חצר פנימית שקטה, חדרים עם תקרות עץ מקוריות וגישה נוחה לתחנת המים San Alvise - מרחק 15 דקות הליכה מגשר ריאלטו ו-25 דקות מכיכר סן מרקו. Carnival Palace - Venice Collection, הממוקם ברובע הגטו, מציע חדרים מודרניים מבודדי רעש עם ריצוף עץ, מרחק 10 דקות הליכה מתחנת הרכבת סנטה לוצ'יה ונגישות קלה לסן מרקו דרך קווי הוואפורטו 5.1, 5.2 ו-4.2. Hotel Bel Sito E Berlino, מול כנסיית סנטה מריה דל ג'יליו, נמצא במרחק 5 דקות הליכה מכיכר סן מרקו, וחדריו מעוצבים בסגנון ונציאני מהמאות ה-18 וה-19, חלקם עם נוף לתעלה.
תקציב ללינה במלונות בוטיק בונציה נע בדרך כלל בין 150 ל-350 יורו ללילה, תלוי בעונה ובמיקום. רוב המלונות מציעים שירותים כמו Wi-Fi חינם, מיזוג אוויר, מיני בר וחדרי משפחה. מומלץ לבחור אזור מרכזי כמו קנארג'ו או סן מרקו כדי לחסוך זמן בתחבורה. כדאי לבדוק את אפשרויות ההגעה - חלק מהמלונות נגישים ישירות מתחנת הוואפורטו, וחלק מציעים הסעות משדה התעופה. ביקורות אורחים מדגישות את איכות ארוחת הבוקר ואת היענות הצוות, ולכן שווה לבדוק דירוגים גבוהים מעל 90 לפני ההזמנה.