טוקיו מציעה מגוון רחב של מלונות זולים שמתאימים למטיילים שמחפשים לינה איכותית בלי לשבור את הבנק. המלונות שנבחרו ברשימה זו כוללים ציוני אורחים גבוהים במיוחד, הנעים בין 79 ל-91, וממוקמים באזורים מרכזיים כמו שינג'וקו, אסקוסה ושינגאווה - כולם עם גישה נוחה לתחבורה ציבורית ולאתרי תיירות מרכזיים. רוב המלונות מציעים אינטרנט אלחוטי חינם, דלפק קבלה 24 שעות, חדרים לא-מעשנים ושירותי כביסה, כך שתוכלו לחסוך בעלויות נוספות במהלך השהייה.
המלונות המובילים בקטגוריה זו כוללים את APA Hotel Shinjuku Gyoenmae עם מסעדה ומרכז ספא, Smile Hotel Shinagawa Sengakuji Ekimae שנמצא במרחק הליכה מתחנת הרכבת ומציע חדרים עם בידה ומיזוג אוויר, ו-Asakusa Tobu Hotel שמתאים במיוחד למשפחות עם חדרים משפחתיים וארוחת בוקר מעולה. המחירים היומיים נעים בדרך כלל בין 80 ל-150 דולר ללילה לחדר זוגי, תלוי בעונה ובזמן ההזמנה. מומלץ להזמין מראש כדי לתפוס את המחירים הטובים ביותר, במיוחד בעונות השיא.