מלונות בוטיק בסן פרנסיסקו מציעים חוויה שונה מרשתות המלונות הגדולות, עם דגש על עיצוב אישי, שירות קשוב ומיקומים מרכזיים. בין האפשרויות הבולטות נמצא Hotel Drisco, שוכן ברובע Pacific Heights ההיסטורי, במרחק הליכה מהפארק הלאומי פרסידיו. המלון, הבנוי בסגנון אדוארדיאני משנת 1903, כולל ארוחת בוקר קונטיננטלית משובחת, קבלת פנים עם יין וגבינות בערב, ושירות הסעה חינם לאזור יוניון סקוור. תקציב ללילה במלונות אלה נע בדרך כלל בין 200 ל-400 דולר, תלוי בעונה ובסוג החדר.
אפשרות נוספת היא מלון Riu Plaza Fisherman'S Wharf, הממוקם ברובע רובע הדייגים הפופולרי, עם ציון 84 מבוקינג. בעוד שמלון San Remo מציע חוויה רומנטית ובמחיר נגיש יותר, עם חדרים המציעים נוף לעיר ומרחק קצר מג'ירארדלי סקוור וממזח 39. לכל המלונות האלה יש אינטרנט אלחוטי חינם, חדר כושר, וחלקם כוללים בריכה מקורה. מומלץ להזמין מראש, במיוחד בעונת התיירות הגבוהה, ולבדוק אם המחיר כולל חניה או ארוחות.